Die Chemie sagt Ihnen, dass eine Aminosäure jedes Molekül ist, das sowohl funktionelle Carbonsäure- als auch Aminogruppen hat. Sie sind die grundlegenden Bausteine eines Proteins. In der Biochemie wird der kürzere und allgemeinere Begriff für Alpha-Aminosäuren verwendet. Das sind Aminosäuren, bei denen die Amino- und Carboxylatfunktionalitäten an einen gemeinsamen Kohlenstoff gebunden sind. Der Aminosäurerest ist das, was von einer Aminosäure übrig bleibt, wenn ein Wassermolekül bei der Bildung einer Peptidbindung verloren gegangen ist. Peptide sind Polymerketten, die das Protien in unserem Körper bilden.
Zwanzig Aminosäuren werden durch den genetischen Standardcode kodiert. Diese werden als proteinogene Aminosäuren bezeichnet. Kompliziertere werden von unserem Körper produziert und werden als Nicht-Standard-Säuren bezeichnet (diese sind nicht so häufig). Prolin ist die einzige proteinogene Aminosäure, deren Seitengruppe mit der a-Aminogruppe verknüpft und zyklisch ist. Diese bildet eine sekundäre Aminogruppe. Früher wurde Prolin „Imino“ genannt, was irreführend war und geändert wurde. Protiene enthalten andere Aminosäuren, die normalerweise durch posttranslationale Modifikation (Modifikationen NACH der Translation) gebildet werden. Diese Modifikationen sind für die Funktion des Proteins essentiell. Mindestens zwei andere Aminosäuren als die 20 Standard-Aminosäuren werden manchmal während des Translationsprozesses in Proteine eingebaut.
Obwohl nur 20 Aminosäuren genetisch kodiert sind, wurden in der Natur über hundert gefunden. Einige davon wurden in Meteoriten gefunden, insbesondere in einer Art von kohlenstoffhaltigen Chondriten. Mikroorganismen und Pflanzen können oft etwas ungewöhnliche Aminosäuren produzieren, die sich in peptidischen Antibiotika befinden. Lanthionin ist ein sulfidverbrücktes Alanin-Dimer, das zusammen mit ungesättigten Aminosäuren in „Lantibiotika“ gefunden wurde, die antibiotische Peptide mikrobiellen Ursprungs sind.
Neben der Proteinsynthese haben die Aminosäuren noch einige andere biologisch wichtige Aufgaben. Glycin und Glutamat werden als Neurotransmitter sowie als Standard-Aminosäuren in Proteinen verwendet. Viele Aminosäuren übernehmen die Rolle der Synthese anderer Moleküle, wie z.B. Tryptophan, ein Vorläufer des Neurotransmitters Serotonin, und Glycin, einer der wenigen Reaktanten bei der Synthese von Porphyrinen wie Häm. Häm ist im „Hämoglobin“ enthalten, das auch für den Aufbau von Proteinen wichtig ist. Zahlreiche, nicht standardisierte Aminosäuren sind biologisch wichtig: „GABA“, ein weiterer Neurotransmitter, Carnitin, der für den Lipidtransport innerhalb der Zelle verwendet wird, Citrullin, Ornithin, Hydroxyprolin, Hydroxylysin, Homocystein und Sarkosin.